Dra. Rosa Maria Gutierrez Rios
Investigadora Titular B Tiempo Completo
Bioinformática aplicada a las ciencias ómicas
Genómica funcional y evolutiva
Número de registros: 9
- Activos
- Vencidos
- Definición de líneas base metagenómicas para la inferencia de capacidades metabólicas, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2024 - 2026
- Explorando las capacidades metabólicas de microorganismos marinos identificados en muestras ambientales., CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2022 - 2024
- Inferencia y comparación de perfiles funcionales metagenómicos de muestras de agua y sedimento marino., DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2021 - 2023
- Estudio de la diversidad y conservación de las proteínas involucradas en la cascada de esporulación en firmicutes: caracterización funcional de la arquitectura alternativa de la proteína spo0b de oceanobacillus iheyensis como modelo de estudio, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2018 - 2021
- Procesamiento de información y toma de decisiones en el sistema de esporulación de bacillus subtilis. construcción de un modelo teórico y su caracterización experimental, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2015 - 2018
- Papel de los factores de transcripción intermodulares en la organización topológica de la red de regulación de bacillus subtilis, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2012 - 2015
- Estudio comparativo de la red de regulación transcripcional de bacillus subtilis, como producto de su análisis en distintas condiciones experimentales, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2012 - 2014
- Generación de modelos de regulación de la transcripción en bacillus subtilis y escherichia coli, análisis comparativo y su corroboración experimental, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2008 - 2010
- Generación, análisis comparativo y verificación experimental de modelos de regulación transcripcional de las redes de escherichia coli y bacillus subtilis, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2007 - 2010
Nivel D del PRIDE
Nivel II del SNII
Nivel II del SNII
- Activos
- Graduados
-
Doctorado
-
Evaluación del papel de Spo0B como factor limitante en el procesamiento de información y "toma de decisiones" en el sistema de esporulación de Bacillus subtilis
-
Maestría
-
Licenciatura
-
Estancia Temporal
1 - Sanchez Olmos, Maria del Carmen (2022). Inferencia y comparacion de perfiles metabolicos entre muestras perturbadas y no perturbadas de metagenomas de tipo shotgun.
Instituto de Biotecnologia,
Maestria en Ciencias Bioquimicas,
UNAM.
Asesor: Gutierrez Rios, Rosa Maria
2 - Soto Avila,L. (2020). Estudio de la conservación de las proteínas implicadas en el compromiso para esporular y su distribución en bacterias.
Instituto de Investigionen Ciencias Basicas y Aplicadas. Centro de Investigacion en Dinamica Celular,
Doctorado en Ciencias,
UAEM .
*
Asesor: Gutierrez Rios,Rosa Maria
3 - Castaneda Gomez, Nori (2019). Evaluación del papel de Spo0B como factor limitante en el procesamiento de información y toma de decisiones en el sistema de esporulación de Bacillus subtilis .
Instituto de Biotecnologia,
Maestria en Ciencias Bioquimicas,
UNAM.
Asesor: Gutierrez Rios, Rosa Maria
4 - Vazquez Hernandez, Carlos Daniel (2018). Identificacion de patrones de organizacion de reaccion que agrupan naturalmente transformaciones enzimaticas .
Instituto de Biotecnologia,
Doctor en Ciencias Bioquimicas,
UNAM.
Asesor: Gutierrez Rios, Rosa Maria
5 - Martinez Amador, Paola Alicia (2017). Analisis evolutivo de los componentes de la cascada de fosforelevo de la esporulacion en procariotas .
Instituto de Biotecnologia,
Maestria en Ciencias Bioquimicas,
UNAM.
Asesor: Gutierrez Rios, Rosa Maria
6 - Granados Castro, Alejandro Adrian (2013). Procesamiento de informacion y toma de decisiones en el sistema de esporulacion de bacillus subtilis .
Instituto de Biotecnologia,
Maestria en Ciencias Bioquimicas,
UNAM.
Asesor: Gutierrez Rios, Rosa Maria
7 - Vazquez Hernandez, Carlos Daniel (2011). Reconstruccion y estudio topologico de las redes de regulacion y del metabolismo central de Bacillus subtilis .
Instituto de Biotecnologia,
Maestria en Ciencias Bioquimicas,
UNAM.
Asesor: Gutierrez Rios, Rosa Maria
8 - Manjarrez Casas, Alejandra Mayela (2009). Analisis topologico de la red de regulacion transcripcional de Bacillus subtilis.
Facultad de Ciencias,
Licenciatura en Biología,
UNAM.
*
Asesor: Gutierrez Rios, Rosa Maria
Total de publicaciones: 55
- Tipo
- Fecha
Artículo
9 - Godinez-Perez,C.M., Loza,A., Hurtado,J.M., Gutierrez-Rios,R.M. (2024). The benzoyl-CoA pathway serves as a genomic marker to identify the oxygen requirements in the degradation of aromatic hydrocarbons.
Frontiers in Microbiology,
14,
1308626.
Artículo
10 - Lopez-Sanchez,R., Rebollar,E.A., Gutierrez-Rios,R.M., Garciarrubio,A., Juarez,K., Segovia,L. (2024). Metagenomic analysis of carbohydrate-active enzymes and their contribution to marine sediment biodiversity.
World Journal of Microbiology & Biotechnology,
40 (3),
95.
Artículo
11 - Loza,A., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., Zarate,S., Lopez,S., Ciria,R., Palomares,D., Garcia-Lopez,R., Isa,P., Taboada,B., Rosales,M., Boukadida,C., Herrera-Estrella,A., Mojica,N.S., Rivera-Gutierrez,X., Munoz-Medina,J.E., Salas-Lais,A.G., Sanchez-Flores,A., Vazquez-Perez,J.A., Arias,C.F., Gutierrez-Rios,R.M. (2023). Two-year follow-up of the COVID-19 pandemic in Mexico.
Frontiers in Public Health,
10,
1050673.
Artículo
Artículo
13 - Zarate,S., Taboada,B., Rosales-Rivera,M., Garcia-Lopez,R., Munoz-Medina,J.E., Sanchez-Flores,A., Herrera-Estrella,A., Gomez-Gil,B., Selem-Mojica N., Salas-Lais,A.G., Vazquez-Perez,J.A., Cabrera-Gaytan,D.A., Fernandes-Matano,L., Uribe-Noguez,L.A., Chale-Dzul,J.B., Maldonado Meza,B.I., Mejia-Nepomuceno,F., Perez-Padilla,R., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A, Roche,B, Lopez,S, Arias,C.F (2023). Omicron-BA.1 Dispersion Rates in Mexico Varied According to the Regional Epidemic Patterns and the Diversity of Local Delta Subvariants.
Viruses,
15 (1),
243.
Artículo
14 - Fragoso-Jimenez,J.C., Gutierrez-Rios,R.M., FLORES,N., Martinez,A., Lara,A.R., Delvigne,F., Gosset,G. (2022). Glucose consumption rate-dependent transcriptome profiling of Escherichia coli provides insight on performance as microbial factories.
Microbial Cell Factories,
21 (1),
189.
Artículo
15 - Loza,A., Garcia-Guevara,F., Segovia,L., Escobar-Zepeda,A., Sanchez-Olmos,M.D.C., Merino,E., Sanchez-Flores,A., Pardo-Lopez,L., Juarez,K., Gutierrez-Rios,R.M. (2022). Definition of the Metagenomic Profile of Ocean Water Samples From the Gulf of Mexico Based on Comparison With Reference Samples From Sites Worldwide.
Frontiers in Microbiology,
12,
781497.
Artículo
16 - Taboada,B., Zarate,S., Garcia-Lopez,R., Munoz-Medina,J.E., Sanchez-Flores,A., Herrera-Estrella,A., Boukadida,C., Gomez-Gil,B., Selem-Mojica N., Rosales-Rivera,M., Salas-Lais,A.G., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Rivera-Gutierrez,X., Vazquez-Perez,J.A., Avila-Rios,S., Hurtado,J.M., Herrera-Najera,C.I., Nunez-Contreras,J.J., Sarquiz-Martinez,B, Garcia-Arias,V.E., Santiago-Mauricio,M.G., Martinez-Miguel,B., Enciso-Ibarra,J., Chaidez-Quiroz,C., Isa,P., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., Lopez,S., Arias,C.F. (2022). Dominance of Three Sublineages of the SARS-CoV-2 Delta Variant in Mexico.
Viruses,
14 (6),
1165.
Artículo
17 - Zarate,S., Taboada,B., Munoz-Medina,J.E., Isa,P., Sanchez-Flores,A., Boukadida,C., Herrera-Estrella,A., Selem-Mojica N., Rosales-Rivera,M., Gomez-Gil,B., Salas-Lais,A.G., Santacruz-Tinoco,C.E., Montoya-Fuentes,H., ALvarado-Yaah,J.E., Molina-Salinas,G.M., Espinoza-Ayala,G.E., Enciso-Moreno,J.A., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Moreno-Contreras,J., Garcia-Lopez,R., Rivera-Gutierrez,X., Comas-Garcia,A., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., del Angel,R.M., Vazquez-Perez,J.A., Matias-Florentino,M., Perez-Garcia,M., Avila-Rios,S., Castelan-Sanchez,H.G., Delaye,L., Martinez-Castilla,L.P., Escalera-Zamudio,M., Lopez,S., Arias,C.F. (2022). The Alpha Variant (B.1.1.7) of SARS-CoV-2 Failed to Become Dominant in Mexico.
Microbiology Spectrum,
10 (2),
e0224021.
Artículo
18 - Curiel-Maciel,N.F., Martinez-Morales,F., Licea-Navarro,A.F., Bertrand,B., Aguilar-Guadarrama,A.B., Rosas-Galvan,N.S., Morales-Guzman,D., Rivera-Gomez,N., Gutierrez-Rios,R.M., Trejo-Hernandez,M. (2021). Characterization of Enterobacter cloacae BAGM01 Producing a Thermostable and Alkaline-Tolerant Rhamnolipid Biosurfactant from the Gulf of Mexico.
Marine Biotechnology,
23,
106.
Revisión
19 - Rodriguez-Salazar,J., Loza,A., Ornelas-Ocampo,K., Gutierrez-Rios,R.M., Pardo-Lopez,L. (2021). Bacteria From the Southern Gulf of Mexico: Baseline, Diversity, Hydrocarbon-Degrading Potential and Future Applications.
Frontiers in Marine Science,
8,
625477.
Artículo
20 - Soto-Avila,L., Ciria-Merce,R., Santos,W., Castaneda,N., Gutierrez-Rios,R.M. (2021). Distribution and preservation of the components of the engulfment. What is beyond representative genomes?.
PLoS ONE,
16 (3),
e0246651.
Artículo
21 - Raggi,L., Garcia-Guevara,F, Godoy-Lozano,E.E., Martinez-Santana,A., Escobar-Zepeda,A., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Merino,E., Sanchez-Flores,A., Licea-Navarro,A., Pardo-Lopez,L., Segovia,L., Juarez,K. (2020). Metagenomic Profiling and Microbial Metabolic Potential of Perdido Fold Belt (NW) and Campeche Knolls (SE) in the Gulf of Mexico.
Frontiers in Microbiology,
11.
Artículo
22 - Salgado-Camargo,A.D., Castro-Jaimes,S., Gutierrez-Rios,R.M., Lozano,L.F., Altamirano-Pacheco,L., Silva-Sanchez,J., Perez-Oseguera,A., Volkow,P., Castillo-Ramirez,S., Cevallos,M.A. (2020). Structure and Evolution of Acinetobacter baumannii Plasmids.
Frontiers in Microbiology,
11,
1283.
Artículo
23 - Carreon-Rodriguez,O.E., Gutierrez-Rios,R.M., Acosta,J.L., Martinez,A., Cevallos,M.A. (2019). Phenotypic and genomic analysis of Zymomonas mobilis ZM4 mutants with enhanced ethanol tolerance.
Biotechnology Reports,
23,
e00328.
Artículo
24 - Chavez, J. C., Vicens, A., Wrighton, D. C., Andrade-Lopez, K., Beltran, C., Gutierrez, R. M., Lippiat, J. D., Trevino, C. L. (2019). A cytoplasmic Slo3 isoform is expressed in somatic tissues.
Molecular Biology Reports,
46 (5),
5561?5567.
Artículo
25 - Martinez-Amador,P., Castaneda,N., Loza,A., Soto,L., Merino,E., Gutierrez-Rios,R.M. (2019). Prediction of protein architectures involved in the signaling-pathway initiating sporulation in Firmicutes.
BMC Research Notes,
12 (1),
686,
686.
Artículo
26 - Muriel-Millan,L.F., Rodriguez-Mejia,J.L., Godoy-Lozano,E.E., Rivera-Gomez,N., Gutierrez-Rios,R.M., Morales-Guzman,D., Trejo-Hernandez,M.R., Estradas-Romero,A., Pardo-Lopez,L. (2019). Functional and Genomic Characterization of a Pseudomonas aeruginosa Strain Isolated From the Southwestern Gulf of Mexico Reveals an Enhanced Adaptation for Long-Chain Alkane Degradation.
Frontiers in Marine Science,
6.
Artículo
27 - Escobar-Zepeda, A., Godoy-Lozano, E.E., Raggi, L., Segovia, L., Merino, E., Gutierrez-Rios, R.M., Juarez, K., Licea-Navarro, A.F., Pardo-Lopez, L., Sanchez-Flores, A. (2018). Analysis of sequencing strategies and tools for taxonomic annotation: Defining standards for progressive metagenomics.
Scientific Reports,
8 (1),
12034.
Artículo
28 - Godoy-Lozano,E.E., Escobar-Zepeda,A., Raggi,L., Merino,E., Gutierrez-Rios,R.M., Juarez,K., Segovia,L., Licea-Navarro,A.F., Gracia,A., Sanchez-Flores,A., Pardo-Lopez,L. (2018). Bacterial diversity and the geochemical landscape in the southwestern Gulf of Mexico.
Frontiers in Microbiology,
9 (OCT),
2528.
Artículo
29 - Pedraza-Perez, Y., Cuevas-Vede, R.A., Canto-Gomez, A.B., Lopez-Pliego, L., Gutierrez-Rios, R.M., Hernandez-Lucas, I., Rubin-Linares, G., Martinez-Laguna, Y., Lopez-Olguin, J.F., Fuentes-Ramirez, L.E. (2018). BLAST-XYPlot Viewer: A Tool for Performing BLAST in Whole-Genome Sequenced Bacteria/Archaea and Visualize Whole Results Simultaneously.
G3: Genes, Genomes, Genetics,
8 (7),
2167-2172.
Artículo
30 - Vazquez-Hernandez, C., Loza, A., Gutierrez-Rios, R.M. (2018). Reactant pairs and reaction organization patterns produced by a new rule-based approach.
BMC Research Notes,
11 (1),
608.
Artículo
31 - Vazquez-Hernandez, C., Loza, A., Peguero-Sanchez, E., Segovia, L., Gutierrez-Rios, R.M. (2018). Identification of reaction organization patterns that naturally cluster enzymatic transformations.
BMC Systems Biology,
12 (1),
63.
Artículo
32 - Medina-Aparicio, L., Rebollar-Flores, J.E., Beltran-Luviano, A.A., Vazquez-Ramos A., Gutierrez-Rios, R.M., Olvera, L., Calva, E., Hernandez-Lucas, I. (2017). The CRISPR-Cas system presents multiple transcriptional units including antisense RNAs that are expressed in minimal medium and up-regulated by pH in Salmonella enterica serovar Typhi.
Microbiology,
163 (2),
253-265.
Artículo
33 - Vega-Cabrera, L.A., Guerrero, A., Rodriguez-Mejia, J.L., Tabche, M.L., Wood, C.D., Gutierrez-Rios, R.M., Merino, E., Pardo-Lopez, L. (2017). Analysis of Spo0M function in Bacillus subtilis.
PLoS ONE,
12 (2),
e0172737.
Artículo
34 - Vicens, A., Andrade-Lopez, K., Cortez, D., Gutierrez, R.M., Trevino, C.L. (2017). Premammalian origin of the sperm-specific Slo3 channel.
FEBS Open Bio,
7 (3),
382-390.
Artículo
35 - Martinez,M.A., Soto-Del Rio,M.D, Gutierrez,R.M., Greninger,A.L., Contreras,J.F., Lopez,S., Arias,C.F., Isa,P. (2015). DNA microarray for detection of gastrointestinal viruses.
Journal of Clinical Microbiology,
53 (1),
136-145.
Artículo
36 - Cortes-Tolalpa,L., Gutierrez-Rios,R.M., Martinez,L.M., de Anda,R., Gosset,G., Bolivar,F., Escalante,A. (2014). Global transcriptomic analysis of an engineered Escherichia coli strain lacking the phosphoenolpyruvate: carbohydrate phosphotransferase system during shikimic acid production in rich culture medium.
Microbial Cell Factories,
13 (1),
28.
Artículo
37 - Paulin,L.F., Soto-Del Rio,M.D, Sanchez,I., Hernandez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Lopez-Martinez,I., Wong-Chew,R.M., Parissi-Crivelli,A., Isa,P., Lopez,S., Arias,C.F. (2014). PhyloFlu, a DNA microarray to determine the phylogenetic origin of influenza A gene segments and the genomic fingerprint of viral strains.
Journal of Clinical Microbiology,
52 (3),
803-813.
Artículo
38 - Villarreal,J.M., Becerra-Lobato,N., Rebollar-Flores,J.E., Medina-Aparicio,L., Carbajal-Gomez,E., Zavala-Garcia,M.L., Vazquez,A., Gutierrez-Rios,R.M., Olvera,L., Encarnacion,S., Martinez-Batallar,A.G., Calva,E., Hernandez-Lucas,I. (2014). The Salmonella enterica Serovar Typhi ltrR-ompR-ompC-ompF Genes are Involved in Resistance to the Bile Salt Sodium Deoxycholate and in Bacterial Transformation.
Molecular Microbiology,
92 (5),
1005-1024.
Artículo
39 - Freyre-Gonzalez,J.A., Manjarrez-Casas,A.M., Merino,E., Martinez-Nunez,M., Perez-Rueda,E., Gutierrez-Rios,R.M. (2013). Lessons from the modular organization of the transcriptional regulatory network of Bacillus subtilis.
BMC Systems Biology,
7 (1),
127.
Artículo
40 - Freyre-Gonzalez,J.A., Trevino-Quintanilla,L.G., Valtierra-Gutierrez,I.A., Gutierrez-Rios,R.M., Alonso-Pavon,J.A. (2012). Prokaryotic regulatory systems biology: Common principles governing the functional architectures of Bacillus subtilis and Escherichia coli unveiled by the natural decomposition approach.
Journal of Biotechnology,
161 (3),
278-286.
Artículo
41 - Guerra-Crespo,M., Perez-Monter,C., Janga,S.C., Castillo-Ramirez,S., Gutierrez-Rios,R.M., Joseph-Bravo,P., Perez-Martinez,L., Charli,J.L. (2011). Transcriptional profiling of fetal hypothalamic TRH neurons.
BMC Genomics,
12 (1),
222.
Artículo
42 - Medina-Aparicio,L., Rebollar-Flores,J.E., Gallego-Hernandez,A.L., Vazquez,A., Olvera,L., Gutierrez-Rios,R.M., Calva,E., Hernandez-Lucas,I. (2011). The CRISPR/Cas immune system is an operon regulated by LeuO, H-NS and LRP in Salmonella enterica serovar Typhi.
Journal of Bacteriology,
193 (10),
2396-2407.
Revisión
43 - Martinez-Nunez,M.A., Perez-Rueda,E., Gutierrez-Rios,R.M., Merino,E. (2010). New insights into the regulatory networks of paralogous genes.
Microbiology,
156 (1),
14-22.
Artículo
44 - Vazquez,C.D., Freyre-Gonzalez,J.A., Gosset,G., Loza,J.A., Gutierrez-Rios,R.M. (2009). Identification of network topological units coordinating the global expression response to glucose in Bacillus subtilis and its comparison to Escherichia coli.
BMC Microbiology,
9 (1),
176.
Revisión
45 - Cevallos,M.A., Cervantes-Rivera,R., Gutierrez-Rios,R.M. (2008). The repABC plasmid family.
Plasmid,
60 (1),
19-37.
Artículo
46 - Gutierrez-Rios,R.M., Freyre-Gonzalez,J.A., Resendis,O., Collado-Vides,J., Saier,M., Gosset,G. (2007). Identification of regulatory network topological units coordinating the genome-wide transcriptional response to glucose in Escherichia coli.
BMC Microbiology,
7 (1),
53.
Artículo
47 - Resendis-Antonio,O., Freyre-Gonzalez,J.A., Menchaca-Mendez,R., Gutierrez-Rios,R.M., Martinez-Antonio,A., Avila-Sanchez,C., Collado-Vides,J. (2005). Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli.
Trends in Genetics,
21 (1),
16-20.
*
Artículo
48 - Gutierrez-Rios,R.M., Rosenblueth,D.A., Loza,J.A., Huerta,A.M., Glasner,J.D., Blattner,F.R., Collado-Vides,J. (2003). Regulatory network of Escherichia coli: consistency between literature knowledge and microarray profiles.
Genome Research,
13 (11),
2435-2443.
*
Artículo
49 - Martinez-Antonio,A., Salgado,H., Gama-Castro,S., Gutierrez-Rios,R.M., Jimenez-Jacinto,V., Collado-Vides,J. (2003). Environmental conditions and transcriptional regulation in Escherichia coli: A physiological integrative approach.
Biotechnology and Bioengineering,
84 (7),
743-749.
*
Artículo
50 - Collado-Vides,J., Gutierrez-Rios,R.M., Bel-Enguix,G. (1998). Networks of transcriptional regulation encoded in a grammatical model.
Biosystems,
47 (1-2),
103-118.
*
Nacional
51 - Herguera,J.C., Scheinbaum,J., Oerez-Brunius,P., Peters,E., Uribe,A., Aguirre-Macedo,L., Vidal-Martinez,V.M., Enriquez,C., Marino-Tapia,I., Garcia-Nava,H., Flores-Vida,X., Salgado,T., Romero-Centeno,R., Zavala,J., Pardo-Lopez,L., Gutierrez-Rios,R.M., Cuevas-Flores,E.A., Carrillo,L., Martinez-Arroyo,M.A., Caso,M., Toro-Valencia,V.G., Carranza,J. (2023). Red de Monitoreo y Predicción de los Océanos para el Desarrollo Sostenible del Golfo de México y el Caribe (ompnetgc). Proyecto ID 37 aprobado por la Década de los Océanos. La Década del Océano en México 2021- 2030 La Ciencia que Necesitamos.
453-456,
Campeche: RICOMAR, Universidad Autónoma de Campeche.
memoria in extenso
52 - Sucar,L.E., Serrano-Perez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Pineda,L.A. (2021). Prediction and Analysis of COVID-19 with Probabilistic Graphical Models. Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence. Bayesian Modeling Applications Workshop July 2021. .
Nacional
53 - Gutierrez,R.M., Merino,E. (2008). Genes, genomas y metagenomas: de Mendel a Venter. Una ventana al quehacer científico. Instituto de Biotecnología de la UNAM 25 aniversario, cap 7.
70-80,
Mexico, D.F..
Libro nacional
Nacional divulgación
55 - Carrera-Reyna,M., Jimenez-Jacinto,V., Gutierrez-Rios,R.M. (2025). Descifrando la información genética.
Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM,
10 (40).
Nacional divulgación
56 - Jimenez-Jacinto,V., Carrera-Reyna,M., Ainsworth,S., Gutierrez-Rios,R.M. (2025). Ecos del algoritmo: la evolución de la bioinformática en México.
Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM,
10 (40).
Nacional divulgacion
57 - Carrera-Reyna,M., Gutierrez-Rios,R.M. (2024). Los modernos cazadores de microbios.
Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM,
10 (37).
Preprint
58 - Lopez-Sanchez,R., Rebollar,E.A., Gutierrez-Rios,R.M., Garciarrubio,A., Juarez,K., Segovia,L. (2023). Metagenomic Analysis of Carbohydrate-Active Enzymes and Their Contribution to Marine Sediment Biodiversity.
Research Square,
Preprint posted July 5th.
Nacional divulgación
59 - Pardo-Lopez,L., Gutierrez-Rios,R.M. (2022). La diversidad bacteriana del Golfo de M?xico plasmada en un atlas.
La Jornada Ecologica,
250,
21-22.
Divulgación nacional
60 - Pardo-Lopez,L., Gutierrez-Rios,R.M. (2022). Diversidad bacteriana, una riqueza insospechada.
Ciencias y Humanidades,
2 (3 Octubre),
33-37.
nacional divulgacion
61 - Loza,A., Pineda,L., Dyer-Leal,D.D., Benitez,I., Ciria,R., Cruz,R., Palomares,D., Fianti,Z., Gutierrez-Rios,R.M. (2020). Sistema de información nacional depurado sobre la evolución de la pandemia COVID-19.
Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM,
23,
8-11.
Editorial Material
62 - Huerta,A.M., Glasner,J.D., Gutierrez-Rios,R.M., Blattner,F.R., Collado-Vides,J. (2002). GETools: gene expression tool for analysis of transcriptome experiments in E. coli.
Trends in Genetics,
18 (4),
217-218.
*
63 - Gutierrez Rios, Rosa Maria (2004). Representacion de aspectos dinamicos de la regulacion genetica : evaluacion de la red de regulacion de E. coli a traves de datos de microarreglos.
CIFN,
Doctorado en Ciencias Biomedicas,
UNAM.
*
Asesor: Collado-Vides, Julio
Nacional divulgación
64 - Carrera-Reyna,M., Jimenez-Jacinto,V., Gutierrez-Rios,R.M.. Descifrando la información genética.
Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM,
10 (40).
Nacional divulgación
65 - Jimenez-Jacinto,V., Carrera-Reyna,M., Ainsworth,S., Gutierrez-Rios,R.M.. Ecos del algoritmo: la evolución de la bioinformática en México.
Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM,
10 (40).
Artículo
66 - Godinez-Perez,C.M., Loza,A., Hurtado,J.M., Gutierrez-Rios,R.M.. The benzoyl-CoA pathway serves as a genomic marker to identify the oxygen requirements in the degradation of aromatic hydrocarbons.
Frontiers in Microbiology,
14,
1308626.
Artículo
67 - Lopez-Sanchez,R., Rebollar,E.A., Gutierrez-Rios,R.M., Garciarrubio,A., Juarez,K., Segovia,L.. Metagenomic analysis of carbohydrate-active enzymes and their contribution to marine sediment biodiversity.
World Journal of Microbiology & Biotechnology,
40 (3),
95.
Nacional divulgacion
68 - Carrera-Reyna,M., Gutierrez-Rios,R.M.. Los modernos cazadores de microbios.
Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM,
10 (37).
Artículo
69 - Loza,A., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., Zarate,S., Lopez,S., Ciria,R., Palomares,D., Garcia-Lopez,R., Isa,P., Taboada,B., Rosales,M., Boukadida,C., Herrera-Estrella,A., Mojica,N.S., Rivera-Gutierrez,X., Munoz-Medina,J.E., Salas-Lais,A.G., Sanchez-Flores,A., Vazquez-Perez,J.A., Arias,C.F., Gutierrez-Rios,R.M.. Two-year follow-up of the COVID-19 pandemic in Mexico.
Frontiers in Public Health,
10,
1050673.
Artículo
70 - Vallejo-Garcia,L.C., Sanchez-Olmos,M.D.C., Gutierrez-Rios,R.M., Lopez-Munguia,A.. Glycosyltransferases Expression Changes in Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293 Grown on Different Carbon Sources.
Foods,
12 (9),
1893.
Artículo
71 - Zarate,S., Taboada,B., Rosales-Rivera,M., Garcia-Lopez,R., Munoz-Medina,J.E., Sanchez-Flores,A., Herrera-Estrella,A., Gomez-Gil,B., Selem-Mojica N., Salas-Lais,A.G., Vazquez-Perez,J.A., Cabrera-Gaytan,D.A., Fernandes-Matano,L., Uribe-Noguez,L.A., Chale-Dzul,J.B., Maldonado Meza,B.I., Mejia-Nepomuceno,F., Perez-Padilla,R., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A, Roche,B, Lopez,S, Arias,C.F. Omicron-BA.1 Dispersion Rates in Mexico Varied According to the Regional Epidemic Patterns and the Diversity of Local Delta Subvariants.
Viruses,
15 (1),
243.
Nacional
72 - Herguera,J.C., Scheinbaum,J., Oerez-Brunius,P., Peters,E., Uribe,A., Aguirre-Macedo,L., Vidal-Martinez,V.M., Enriquez,C., Marino-Tapia,I., Garcia-Nava,H., Flores-Vida,X., Salgado,T., Romero-Centeno,R., Zavala,J., Pardo-Lopez,L., Gutierrez-Rios,R.M., Cuevas-Flores,E.A., Carrillo,L., Martinez-Arroyo,M.A., Caso,M., Toro-Valencia,V.G., Carranza,J.. Red de Monitoreo y Predicción de los Océanos para el Desarrollo Sostenible del Golfo de México y el Caribe (ompnetgc). Proyecto ID 37 aprobado por la Década de los Océanos. La Década del Océano en México 2021- 2030 La Ciencia que Necesitamos.
453-456,
Campeche: RICOMAR, Universidad Autónoma de Campeche.
Preprint
73 - Lopez-Sanchez,R., Rebollar,E.A., Gutierrez-Rios,R.M., Garciarrubio,A., Juarez,K., Segovia,L.. Metagenomic Analysis of Carbohydrate-Active Enzymes and Their Contribution to Marine Sediment Biodiversity.
Research Square,
Preprint posted July 5th.
Artículo
74 - Fragoso-Jimenez,J.C., Gutierrez-Rios,R.M., FLORES,N., Martinez,A., Lara,A.R., Delvigne,F., Gosset,G.. Glucose consumption rate-dependent transcriptome profiling of Escherichia coli provides insight on performance as microbial factories.
Microbial Cell Factories,
21 (1),
189.
Artículo
75 - Loza,A., Garcia-Guevara,F., Segovia,L., Escobar-Zepeda,A., Sanchez-Olmos,M.D.C., Merino,E., Sanchez-Flores,A., Pardo-Lopez,L., Juarez,K., Gutierrez-Rios,R.M.. Definition of the Metagenomic Profile of Ocean Water Samples From the Gulf of Mexico Based on Comparison With Reference Samples From Sites Worldwide.
Frontiers in Microbiology,
12,
781497.
Artículo
76 - Taboada,B., Zarate,S., Garcia-Lopez,R., Munoz-Medina,J.E., Sanchez-Flores,A., Herrera-Estrella,A., Boukadida,C., Gomez-Gil,B., Selem-Mojica N., Rosales-Rivera,M., Salas-Lais,A.G., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Rivera-Gutierrez,X., Vazquez-Perez,J.A., Avila-Rios,S., Hurtado,J.M., Herrera-Najera,C.I., Nunez-Contreras,J.J., Sarquiz-Martinez,B, Garcia-Arias,V.E., Santiago-Mauricio,M.G., Martinez-Miguel,B., Enciso-Ibarra,J., Chaidez-Quiroz,C., Isa,P., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., Lopez,S., Arias,C.F.. Dominance of Three Sublineages of the SARS-CoV-2 Delta Variant in Mexico.
Viruses,
14 (6),
1165.
Artículo
77 - Zarate,S., Taboada,B., Munoz-Medina,J.E., Isa,P., Sanchez-Flores,A., Boukadida,C., Herrera-Estrella,A., Selem-Mojica N., Rosales-Rivera,M., Gomez-Gil,B., Salas-Lais,A.G., Santacruz-Tinoco,C.E., Montoya-Fuentes,H., ALvarado-Yaah,J.E., Molina-Salinas,G.M., Espinoza-Ayala,G.E., Enciso-Moreno,J.A., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Moreno-Contreras,J., Garcia-Lopez,R., Rivera-Gutierrez,X., Comas-Garcia,A., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., del Angel,R.M., Vazquez-Perez,J.A., Matias-Florentino,M., Perez-Garcia,M., Avila-Rios,S., Castelan-Sanchez,H.G., Delaye,L., Martinez-Castilla,L.P., Escalera-Zamudio,M., Lopez,S., Arias,C.F.. The Alpha Variant (B.1.1.7) of SARS-CoV-2 Failed to Become Dominant in Mexico.
Microbiology Spectrum,
10 (2),
e0224021.
Nacional divulgación
78 - Pardo-Lopez,L., Gutierrez-Rios,R.M.. La diversidad bacteriana del Golfo de M?xico plasmada en un atlas.
La Jornada Ecologica,
250,
21-22.
Divulgación nacional
79 - Pardo-Lopez,L., Gutierrez-Rios,R.M.. Diversidad bacteriana, una riqueza insospechada.
Ciencias y Humanidades,
2 (3 Octubre),
33-37.
Artículo
80 - Curiel-Maciel,N.F., Martinez-Morales,F., Licea-Navarro,A.F., Bertrand,B., Aguilar-Guadarrama,A.B., Rosas-Galvan,N.S., Morales-Guzman,D., Rivera-Gomez,N., Gutierrez-Rios,R.M., Trejo-Hernandez,M.. Characterization of Enterobacter cloacae BAGM01 Producing a Thermostable and Alkaline-Tolerant Rhamnolipid Biosurfactant from the Gulf of Mexico.
Marine Biotechnology,
23,
106.
Revisión
81 - Rodriguez-Salazar,J., Loza,A., Ornelas-Ocampo,K., Gutierrez-Rios,R.M., Pardo-Lopez,L.. Bacteria From the Southern Gulf of Mexico: Baseline, Diversity, Hydrocarbon-Degrading Potential and Future Applications.
Frontiers in Marine Science,
8,
625477.
Artículo
82 - Soto-Avila,L., Ciria-Merce,R., Santos,W., Castaneda,N., Gutierrez-Rios,R.M.. Distribution and preservation of the components of the engulfment. What is beyond representative genomes?.
PLoS ONE,
16 (3),
e0246651.
memoria in extenso
83 - Sucar,L.E., Serrano-Perez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Pineda,L.A.. Prediction and Analysis of COVID-19 with Probabilistic Graphical Models. Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence. Bayesian Modeling Applications Workshop July 2021. .
Libro nacional
Artículo
85 - Raggi,L., Garcia-Guevara,F, Godoy-Lozano,E.E., Martinez-Santana,A., Escobar-Zepeda,A., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Merino,E., Sanchez-Flores,A., Licea-Navarro,A., Pardo-Lopez,L., Segovia,L., Juarez,K.. Metagenomic Profiling and Microbial Metabolic Potential of Perdido Fold Belt (NW) and Campeche Knolls (SE) in the Gulf of Mexico.
Frontiers in Microbiology,
11.
Artículo
86 - Salgado-Camargo,A.D., Castro-Jaimes,S., Gutierrez-Rios,R.M., Lozano,L.F., Altamirano-Pacheco,L., Silva-Sanchez,J., Perez-Oseguera,A., Volkow,P., Castillo-Ramirez,S., Cevallos,M.A.. Structure and Evolution of Acinetobacter baumannii Plasmids.
Frontiers in Microbiology,
11,
1283.
nacional divulgacion
87 - Loza,A., Pineda,L., Dyer-Leal,D.D., Benitez,I., Ciria,R., Cruz,R., Palomares,D., Fianti,Z., Gutierrez-Rios,R.M.. Sistema de información nacional depurado sobre la evolución de la pandemia COVID-19.
Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM,
23,
8-11.
Artículo
88 - Carreon-Rodriguez,O.E., Gutierrez-Rios,R.M., Acosta,J.L., Martinez,A., Cevallos,M.A.. Phenotypic and genomic analysis of Zymomonas mobilis ZM4 mutants with enhanced ethanol tolerance.
Biotechnology Reports,
23,
e00328.
Artículo
89 - Chavez, J. C., Vicens, A., Wrighton, D. C., Andrade-Lopez, K., Beltran, C., Gutierrez, R. M., Lippiat, J. D., Trevino, C. L.. A cytoplasmic Slo3 isoform is expressed in somatic tissues.
Molecular Biology Reports,
46 (5),
5561?5567.
Artículo
90 - Martinez-Amador,P., Castaneda,N., Loza,A., Soto,L., Merino,E., Gutierrez-Rios,R.M.. Prediction of protein architectures involved in the signaling-pathway initiating sporulation in Firmicutes.
BMC Research Notes,
12 (1),
686,
686.
Artículo
91 - Muriel-Millan,L.F., Rodriguez-Mejia,J.L., Godoy-Lozano,E.E., Rivera-Gomez,N., Gutierrez-Rios,R.M., Morales-Guzman,D., Trejo-Hernandez,M.R., Estradas-Romero,A., Pardo-Lopez,L.. Functional and Genomic Characterization of a Pseudomonas aeruginosa Strain Isolated From the Southwestern Gulf of Mexico Reveals an Enhanced Adaptation for Long-Chain Alkane Degradation.
Frontiers in Marine Science,
6.
Artículo
92 - Escobar-Zepeda, A., Godoy-Lozano, E.E., Raggi, L., Segovia, L., Merino, E., Gutierrez-Rios, R.M., Juarez, K., Licea-Navarro, A.F., Pardo-Lopez, L., Sanchez-Flores, A.. Analysis of sequencing strategies and tools for taxonomic annotation: Defining standards for progressive metagenomics.
Scientific Reports,
8 (1),
12034.
Artículo
93 - Godoy-Lozano,E.E., Escobar-Zepeda,A., Raggi,L., Merino,E., Gutierrez-Rios,R.M., Juarez,K., Segovia,L., Licea-Navarro,A.F., Gracia,A., Sanchez-Flores,A., Pardo-Lopez,L.. Bacterial diversity and the geochemical landscape in the southwestern Gulf of Mexico.
Frontiers in Microbiology,
9 (OCT),
2528.
Artículo
94 - Pedraza-Perez, Y., Cuevas-Vede, R.A., Canto-Gomez, A.B., Lopez-Pliego, L., Gutierrez-Rios, R.M., Hernandez-Lucas, I., Rubin-Linares, G., Martinez-Laguna, Y., Lopez-Olguin, J.F., Fuentes-Ramirez, L.E.. BLAST-XYPlot Viewer: A Tool for Performing BLAST in Whole-Genome Sequenced Bacteria/Archaea and Visualize Whole Results Simultaneously.
G3: Genes, Genomes, Genetics,
8 (7),
2167-2172.
Artículo
95 - Vazquez-Hernandez, C., Loza, A., Gutierrez-Rios, R.M.. Reactant pairs and reaction organization patterns produced by a new rule-based approach.
BMC Research Notes,
11 (1),
608.
Artículo
96 - Vazquez-Hernandez, C., Loza, A., Peguero-Sanchez, E., Segovia, L., Gutierrez-Rios, R.M.. Identification of reaction organization patterns that naturally cluster enzymatic transformations.
BMC Systems Biology,
12 (1),
63.
Artículo
97 - Medina-Aparicio, L., Rebollar-Flores, J.E., Beltran-Luviano, A.A., Vazquez-Ramos A., Gutierrez-Rios, R.M., Olvera, L., Calva, E., Hernandez-Lucas, I.. The CRISPR-Cas system presents multiple transcriptional units including antisense RNAs that are expressed in minimal medium and up-regulated by pH in Salmonella enterica serovar Typhi.
Microbiology,
163 (2),
253-265.
Artículo
98 - Vega-Cabrera, L.A., Guerrero, A., Rodriguez-Mejia, J.L., Tabche, M.L., Wood, C.D., Gutierrez-Rios, R.M., Merino, E., Pardo-Lopez, L.. Analysis of Spo0M function in Bacillus subtilis.
PLoS ONE,
12 (2),
e0172737.
Artículo
99 - Vicens, A., Andrade-Lopez, K., Cortez, D., Gutierrez, R.M., Trevino, C.L.. Premammalian origin of the sperm-specific Slo3 channel.
FEBS Open Bio,
7 (3),
382-390.
Artículo
100 - Martinez,M.A., Soto-Del Rio,M.D, Gutierrez,R.M., Greninger,A.L., Contreras,J.F., Lopez,S., Arias,C.F., Isa,P.. DNA microarray for detection of gastrointestinal viruses.
Journal of Clinical Microbiology,
53 (1),
136-145.
Artículo
101 - Cortes-Tolalpa,L., Gutierrez-Rios,R.M., Martinez,L.M., de Anda,R., Gosset,G., Bolivar,F., Escalante,A.. Global transcriptomic analysis of an engineered Escherichia coli strain lacking the phosphoenolpyruvate: carbohydrate phosphotransferase system during shikimic acid production in rich culture medium.
Microbial Cell Factories,
13 (1),
28.
Artículo
102 - Paulin,L.F., Soto-Del Rio,M.D, Sanchez,I., Hernandez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Lopez-Martinez,I., Wong-Chew,R.M., Parissi-Crivelli,A., Isa,P., Lopez,S., Arias,C.F.. PhyloFlu, a DNA microarray to determine the phylogenetic origin of influenza A gene segments and the genomic fingerprint of viral strains.
Journal of Clinical Microbiology,
52 (3),
803-813.
Artículo
103 - Villarreal,J.M., Becerra-Lobato,N., Rebollar-Flores,J.E., Medina-Aparicio,L., Carbajal-Gomez,E., Zavala-Garcia,M.L., Vazquez,A., Gutierrez-Rios,R.M., Olvera,L., Encarnacion,S., Martinez-Batallar,A.G., Calva,E., Hernandez-Lucas,I.. The Salmonella enterica Serovar Typhi ltrR-ompR-ompC-ompF Genes are Involved in Resistance to the Bile Salt Sodium Deoxycholate and in Bacterial Transformation.
Molecular Microbiology,
92 (5),
1005-1024.
Artículo
104 - Freyre-Gonzalez,J.A., Manjarrez-Casas,A.M., Merino,E., Martinez-Nunez,M., Perez-Rueda,E., Gutierrez-Rios,R.M.. Lessons from the modular organization of the transcriptional regulatory network of Bacillus subtilis.
BMC Systems Biology,
7 (1),
127.
Artículo
105 - Freyre-Gonzalez,J.A., Trevino-Quintanilla,L.G., Valtierra-Gutierrez,I.A., Gutierrez-Rios,R.M., Alonso-Pavon,J.A.. Prokaryotic regulatory systems biology: Common principles governing the functional architectures of Bacillus subtilis and Escherichia coli unveiled by the natural decomposition approach.
Journal of Biotechnology,
161 (3),
278-286.
Artículo
106 - Guerra-Crespo,M., Perez-Monter,C., Janga,S.C., Castillo-Ramirez,S., Gutierrez-Rios,R.M., Joseph-Bravo,P., Perez-Martinez,L., Charli,J.L.. Transcriptional profiling of fetal hypothalamic TRH neurons.
BMC Genomics,
12 (1),
222.
Artículo
107 - Medina-Aparicio,L., Rebollar-Flores,J.E., Gallego-Hernandez,A.L., Vazquez,A., Olvera,L., Gutierrez-Rios,R.M., Calva,E., Hernandez-Lucas,I.. The CRISPR/Cas immune system is an operon regulated by LeuO, H-NS and LRP in Salmonella enterica serovar Typhi.
Journal of Bacteriology,
193 (10),
2396-2407.
Revisión
108 - Martinez-Nunez,M.A., Perez-Rueda,E., Gutierrez-Rios,R.M., Merino,E.. New insights into the regulatory networks of paralogous genes.
Microbiology,
156 (1),
14-22.
Artículo
109 - Vazquez,C.D., Freyre-Gonzalez,J.A., Gosset,G., Loza,J.A., Gutierrez-Rios,R.M.. Identification of network topological units coordinating the global expression response to glucose in Bacillus subtilis and its comparison to Escherichia coli.
BMC Microbiology,
9 (1),
176.
Revisión
110 - Cevallos,M.A., Cervantes-Rivera,R., Gutierrez-Rios,R.M.. The repABC plasmid family.
Plasmid,
60 (1),
19-37.
Nacional
111 - Gutierrez,R.M., Merino,E.. Genes, genomas y metagenomas: de Mendel a Venter. Una ventana al quehacer científico. Instituto de Biotecnología de la UNAM 25 aniversario, cap 7.
70-80,
Mexico, D.F..
Artículo
112 - Gutierrez-Rios,R.M., Freyre-Gonzalez,J.A., Resendis,O., Collado-Vides,J., Saier,M., Gosset,G.. Identification of regulatory network topological units coordinating the genome-wide transcriptional response to glucose in Escherichia coli.
BMC Microbiology,
7 (1),
53.
Artículo
113 - Resendis-Antonio,O., Freyre-Gonzalez,J.A., Menchaca-Mendez,R., Gutierrez-Rios,R.M., Martinez-Antonio,A., Avila-Sanchez,C., Collado-Vides,J.. Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli.
Trends in Genetics,
21 (1),
16-20.
*
114 - Gutierrez Rios, Rosa Maria. Representacion de aspectos dinamicos de la regulacion genetica : evaluacion de la red de regulacion de E. coli a traves de datos de microarreglos.
CIFN,
Doctorado en Ciencias Biomedicas,
UNAM.
*
Asesor: Collado-Vides, Julio
Artículo
115 - Gutierrez-Rios,R.M., Rosenblueth,D.A., Loza,J.A., Huerta,A.M., Glasner,J.D., Blattner,F.R., Collado-Vides,J.. Regulatory network of Escherichia coli: consistency between literature knowledge and microarray profiles.
Genome Research,
13 (11),
2435-2443.
*
Artículo
116 - Martinez-Antonio,A., Salgado,H., Gama-Castro,S., Gutierrez-Rios,R.M., Jimenez-Jacinto,V., Collado-Vides,J.. Environmental conditions and transcriptional regulation in Escherichia coli: A physiological integrative approach.
Biotechnology and Bioengineering,
84 (7),
743-749.
*
Editorial Material
117 - Huerta,A.M., Glasner,J.D., Gutierrez-Rios,R.M., Blattner,F.R., Collado-Vides,J.. GETools: gene expression tool for analysis of transcriptome experiments in E. coli.
Trends in Genetics,
18 (4),
217-218.
*
Artículo
118 - Collado-Vides,J., Gutierrez-Rios,R.M., Bel-Enguix,G.. Networks of transcriptional regulation encoded in a grammatical model.
Biosystems,
47 (1-2),
103-118.
*