Bioinformática de procesos de regulación en bacterias
Número de registros: 8
  • Activos
  • Vencidos
  • Inferencia y comparación de perfiles funcionales metagenómicos de muestras de agua y sedimento marino., DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2021 - 2023
  • Explorando las capacidades metabólicas de microorganismos marinos identificados en muestras ambientales., CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 1900 - 2024
  • Estudio de la diversidad y conservación de las proteínas involucradas en la cascada de esporulación en firmicutes: caracterización funcional de la arquitectura alternativa de la proteína spo0b de oceanobacillus iheyensis como modelo de estudio, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2018 - 2021
  • Procesamiento de información y toma de decisiones en el sistema de esporulación de bacillus subtilis. construcción de un modelo teórico y su caracterización experimental, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2015 - 2018
  • Papel de los factores de transcripción intermodulares en la organización topológica de la red de regulación de bacillus subtilis, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2012 - 2015
  • Estudio comparativo de la red de regulación transcripcional de bacillus subtilis, como producto de su análisis en distintas condiciones experimentales, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2012 - 2014
  • Generación de modelos de regulación de la transcripción en bacillus subtilis y escherichia coli, análisis comparativo y su corroboración experimental, DIRECCIÓN GENERAL DE ASUNTOS DEL PERSONAL ACADÉMICO/UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO, 2008 - 2010
  • Generación, análisis comparativo y verificación experimental de modelos de regulación transcripcional de las redes de escherichia coli y bacillus subtilis, CONSEJO NACIONAL DE CIENCIA Y TECNOLOGÍA, 2007 - 2010

Nivel B del PRIDE
Nivel I del SNI
  • Doctorado
  • Maestría
  • Licenciatura
2 - Soto Avila,L. (2020). Estudio de la conservación de las proteínas implicadas en el compromiso para esporular y su distribución en bacterias. Instituto de Investigionen Ciencias Basicas y Aplicadas. Centro de Investigacion en Dinamica Celular, Doctorado en Ciencias, UAEM . *
Total de publicaciones: 48
  • Tipo
  • Fecha
Open Access Artículo
9 - Loza,A., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., Zarate,S., Lopez,S., Ciria,R., Palomares,D., Garcia-Lopez,R., Isa,P., Taboada,B., Rosales,M., Boukadida,C., Herrera-Estrella,A., Mojica,N.S., Rivera-Gutierrez,X., Munoz-Medina,J.E., Salas-Lais,A.G., Sanchez-Flores,A., Vazquez-Perez,J.A., Arias,C.F., Gutierrez-Rios,R.M. (2023). Two-year follow-up of the COVID-19 pandemic in Mexico. Frontiers in Public Health, 10, 1050673.
Open Access Artículo
11 - Zarate,S., Taboada,B., Rosales-Rivera,M., Garcia-Lopez,R., Munoz-Medina,J.E., Sanchez-Flores,A., Herrera-Estrella,A., Gomez-Gil,B., Selem-Mojica N., Salas-Lais,A.G., Vazquez-Perez,J.A., Cabrera-Gaytan,D.A., Fernandes-Matano,L., Uribe-Noguez,L.A., Chale-Dzul,J.B., Maldonado Meza,B.I., Mejia-Nepomuceno,F., Perez-Padilla,R., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A, Roche,B, Lopez,S, Arias,C.F (2023). Omicron-BA.1 Dispersion Rates in Mexico Varied According to the Regional Epidemic Patterns and the Diversity of Local Delta Subvariants. Viruses, 15 (1), 243.
Open Access Artículo
14 - Taboada,B., Zarate,S., Garcia-Lopez,R., Munoz-Medina,J.E., Sanchez-Flores,A., Herrera-Estrella,A., Boukadida,C., Gomez-Gil,B., Selem-Mojica N., Rosales-Rivera,M., Salas-Lais,A.G., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Rivera-Gutierrez,X., Vazquez-Perez,J.A., Avila-Rios,S., Hurtado,J.M., Herrera-Najera,C.I., Nunez-Contreras,J.J., Sarquiz-Martinez,B, Garcia-Arias,V.E., Santiago-Mauricio,M.G., Martinez-Miguel,B., Enciso-Ibarra,J., Chaidez-Quiroz,C., Isa,P., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., Lopez,S., Arias,C.F. (2022). Dominance of Three Sublineages of the SARS-CoV-2 Delta Variant in Mexico. Viruses, 14 (6), 1165.
Open Access Artículo
15 - Zarate,S., Taboada,B., Munoz-Medina,J.E., Isa,P., Sanchez-Flores,A., Boukadida,C., Herrera-Estrella,A., Selem-Mojica N., Rosales-Rivera,M., Gomez-Gil,B., Salas-Lais,A.G., Santacruz-Tinoco,C.E., Montoya-Fuentes,H., ALvarado-Yaah,J.E., Molina-Salinas,G.M., Espinoza-Ayala,G.E., Enciso-Moreno,J.A., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Moreno-Contreras,J., Garcia-Lopez,R., Rivera-Gutierrez,X., Comas-Garcia,A., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., del Angel,R.M., Vazquez-Perez,J.A., Matias-Florentino,M., Perez-Garcia,M., Avila-Rios,S., Castelan-Sanchez,H.G., Delaye,L., Martinez-Castilla,L.P., Escalera-Zamudio,M., Lopez,S., Arias,C.F. (2022). The Alpha Variant (B.1.1.7) of SARS-CoV-2 Failed to Become Dominant in Mexico. Microbiology Spectrum, 10 (2), e0224021.
Artículo
16 - Curiel-Maciel,N.F., Martinez-Morales,F., Licea-Navarro,A.F., Bertrand,B., Aguilar-Guadarrama,A.B., Rosas-Galvan,N.S., Morales-Guzman,D., Rivera-Gomez,N., Gutierrez-Rios,R.M., Trejo-Hernandez,M. (2021). Characterization of Enterobacter cloacae BAGM01 Producing a Thermostable and Alkaline-Tolerant Rhamnolipid Biosurfactant from the Gulf of Mexico. Marine Biotechnology, 23, 106.
Open Access Artículo
20 - Salgado-Camargo,A.D., Castro-Jaimes,S., Gutierrez-Rios,R.M., Lozano,L.F., Altamirano-Pacheco,L., Silva-Sanchez,J., Perez-Oseguera,A., Volkow,P., Castillo-Ramirez,S., Cevallos,M.A. (2020). Structure and Evolution of Acinetobacter baumannii Plasmids. Frontiers in Microbiology, 11, 1283.
Artículo
22 - Chavez, J. C., Vicens, A., Wrighton, D. C., Andrade-Lopez, K., Beltran, C., Gutierrez, R. M., Lippiat, J. D., Trevino, C. L. (2019). A cytoplasmic Slo3 isoform is expressed in somatic tissues. Molecular Biology Reports, 46 (5), 5561?5567.
Open Access Artículo
27 - Pedraza-Perez, Y., Cuevas-Vede, R.A., Canto-Gomez, A.B., Lopez-Pliego, L., Gutierrez-Rios, R.M., Hernandez-Lucas, I., Rubin-Linares, G., Martinez-Laguna, Y., Lopez-Olguin, J.F., Fuentes-Ramirez, L.E. (2018). BLAST-XYPlot Viewer: A Tool for Performing BLAST in Whole-Genome Sequenced Bacteria/Archaea and Visualize Whole Results Simultaneously. G3: Genes, Genomes, Genetics, 8 (7), 2167-2172.
Open Access Artículo
Artículo
33 - Martinez,M.A., Soto-Del Rio,M.D, Gutierrez,R.M., Greninger,A.L., Contreras,J.F., Lopez,S., Arias,C.F., Isa,P. (2015). DNA microarray for detection of gastrointestinal viruses. Journal of Clinical Microbiology, 53 (1), 136-145.
Artículo
35 - Paulin,L.F., Soto-Del Rio,M.D, Sanchez,I., Hernandez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Lopez-Martinez,I., Wong-Chew,R.M., Parissi-Crivelli,A., Isa,P., Lopez,S., Arias,C.F. (2014). PhyloFlu, a DNA microarray to determine the phylogenetic origin of influenza A gene segments and the genomic fingerprint of viral strains. Journal of Clinical Microbiology, 52 (3), 803-813.
Revisión
43 - Cevallos,M.A., Cervantes-Rivera,R., Gutierrez-Rios,R.M. (2008). The repABC plasmid family. Plasmid, 60 (1), 19-37.
Artículo
45 - Resendis-Antonio,O., Freyre-Gonzalez,J.A., Menchaca-Mendez,R., Gutierrez-Rios,R.M., Martinez-Antonio,A., Avila-Sanchez,C., Collado-Vides,J. (2005). Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli. Trends in Genetics, 21 (1), 16-20. *
Artículo
46 - Gutierrez-Rios,R.M., Rosenblueth,D.A., Loza,J.A., Huerta,A.M., Glasner,J.D., Blattner,F.R., Collado-Vides,J. (2003). Regulatory network of Escherichia coli: consistency between literature knowledge and microarray profiles. Genome Research, 13 (11), 2435-2443. *
Artículo
48 - Collado-Vides,J., Gutierrez-Rios,R.M., Bel-Enguix,G. (1998). Networks of transcriptional regulation encoded in a grammatical model. Biosystems, 47 (1-2), 103-118. *
Open Access memoria in extenso
49 - Sucar,L.E., Serrano-Perez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Pineda,L.A. (2021). Prediction and Analysis of COVID-19 with Probabilistic Graphical Models. Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence. Bayesian Modeling Applications Workshop July 2021. .
Nacional
50 - Gutierrez,R.M., Merino,E. (2008). Genes, genomas y metagenomas: de Mendel a Venter. Una ventana al quehacer científico. Instituto de Biotecnología de la UNAM 25 aniversario, cap 7. 70-80, Mexico, D.F..
Open Access Nacional divulgación
Open Access Divulgación nacional
53 - Pardo-Lopez,L., Gutierrez-Rios,R.M. (2022). Diversidad bacteriana, una riqueza insospechada. Ciencias y Humanidades, 2 (3 Octubre), 33-37.
Open Access nacional divulgacion
54 - Loza,A., Pineda,L., Dyer-Leal,D.D., Benitez,I., Ciria,R., Cruz,R., Palomares,D., Fianti,Z., Gutierrez-Rios,R.M. (2020). Sistema de información nacional depurado sobre la evolución de la pandemia COVID-19. Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM, 23, 8-11.
Editorial Material
55 - Huerta,A.M., Glasner,J.D., Gutierrez-Rios,R.M., Blattner,F.R., Collado-Vides,J. (2002). GETools: gene expression tool for analysis of transcriptome experiments in E. coli. Trends in Genetics, 18 (4), 217-218. *
Open Access Artículo
57 - Loza,A., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., Zarate,S., Lopez,S., Ciria,R., Palomares,D., Garcia-Lopez,R., Isa,P., Taboada,B., Rosales,M., Boukadida,C., Herrera-Estrella,A., Mojica,N.S., Rivera-Gutierrez,X., Munoz-Medina,J.E., Salas-Lais,A.G., Sanchez-Flores,A., Vazquez-Perez,J.A., Arias,C.F., Gutierrez-Rios,R.M.. Two-year follow-up of the COVID-19 pandemic in Mexico. Frontiers in Public Health, 10, 1050673.
Open Access Artículo
Open Access Artículo
59 - Zarate,S., Taboada,B., Rosales-Rivera,M., Garcia-Lopez,R., Munoz-Medina,J.E., Sanchez-Flores,A., Herrera-Estrella,A., Gomez-Gil,B., Selem-Mojica N., Salas-Lais,A.G., Vazquez-Perez,J.A., Cabrera-Gaytan,D.A., Fernandes-Matano,L., Uribe-Noguez,L.A., Chale-Dzul,J.B., Maldonado Meza,B.I., Mejia-Nepomuceno,F., Perez-Padilla,R., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A, Roche,B, Lopez,S, Arias,C.F. Omicron-BA.1 Dispersion Rates in Mexico Varied According to the Regional Epidemic Patterns and the Diversity of Local Delta Subvariants. Viruses, 15 (1), 243.
Open Access Artículo
Open Access Artículo
Open Access Artículo
62 - Taboada,B., Zarate,S., Garcia-Lopez,R., Munoz-Medina,J.E., Sanchez-Flores,A., Herrera-Estrella,A., Boukadida,C., Gomez-Gil,B., Selem-Mojica N., Rosales-Rivera,M., Salas-Lais,A.G., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Rivera-Gutierrez,X., Vazquez-Perez,J.A., Avila-Rios,S., Hurtado,J.M., Herrera-Najera,C.I., Nunez-Contreras,J.J., Sarquiz-Martinez,B, Garcia-Arias,V.E., Santiago-Mauricio,M.G., Martinez-Miguel,B., Enciso-Ibarra,J., Chaidez-Quiroz,C., Isa,P., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., Lopez,S., Arias,C.F.. Dominance of Three Sublineages of the SARS-CoV-2 Delta Variant in Mexico. Viruses, 14 (6), 1165.
Open Access Artículo
63 - Zarate,S., Taboada,B., Munoz-Medina,J.E., Isa,P., Sanchez-Flores,A., Boukadida,C., Herrera-Estrella,A., Selem-Mojica N., Rosales-Rivera,M., Gomez-Gil,B., Salas-Lais,A.G., Santacruz-Tinoco,C.E., Montoya-Fuentes,H., ALvarado-Yaah,J.E., Molina-Salinas,G.M., Espinoza-Ayala,G.E., Enciso-Moreno,J.A., Gutierrez-Rios,R.M., Loza,A., Moreno-Contreras,J., Garcia-Lopez,R., Rivera-Gutierrez,X., Comas-Garcia,A., Wong-Chew,R.M., Jimenez-Corona,M.E., del Angel,R.M., Vazquez-Perez,J.A., Matias-Florentino,M., Perez-Garcia,M., Avila-Rios,S., Castelan-Sanchez,H.G., Delaye,L., Martinez-Castilla,L.P., Escalera-Zamudio,M., Lopez,S., Arias,C.F.. The Alpha Variant (B.1.1.7) of SARS-CoV-2 Failed to Become Dominant in Mexico. Microbiology Spectrum, 10 (2), e0224021.
Open Access Nacional divulgación
Open Access Divulgación nacional
65 - Pardo-Lopez,L., Gutierrez-Rios,R.M.. Diversidad bacteriana, una riqueza insospechada. Ciencias y Humanidades, 2 (3 Octubre), 33-37.
Artículo
66 - Curiel-Maciel,N.F., Martinez-Morales,F., Licea-Navarro,A.F., Bertrand,B., Aguilar-Guadarrama,A.B., Rosas-Galvan,N.S., Morales-Guzman,D., Rivera-Gomez,N., Gutierrez-Rios,R.M., Trejo-Hernandez,M.. Characterization of Enterobacter cloacae BAGM01 Producing a Thermostable and Alkaline-Tolerant Rhamnolipid Biosurfactant from the Gulf of Mexico. Marine Biotechnology, 23, 106.
Open Access Revisión
Open Access Artículo
Open Access memoria in extenso
69 - Sucar,L.E., Serrano-Perez,J., Gutierrez-Rios,R.M., Pineda,L.A.. Prediction and Analysis of COVID-19 with Probabilistic Graphical Models. Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence. Bayesian Modeling Applications Workshop July 2021. .
Libro nacional
Open Access Artículo
Open Access Artículo
72 - Salgado-Camargo,A.D., Castro-Jaimes,S., Gutierrez-Rios,R.M., Lozano,L.F., Altamirano-Pacheco,L., Silva-Sanchez,J., Perez-Oseguera,A., Volkow,P., Castillo-Ramirez,S., Cevallos,M.A.. Structure and Evolution of Acinetobacter baumannii Plasmids. Frontiers in Microbiology, 11, 1283.
Open Access nacional divulgacion
73 - Loza,A., Pineda,L., Dyer-Leal,D.D., Benitez,I., Ciria,R., Cruz,R., Palomares,D., Fianti,Z., Gutierrez-Rios,R.M.. Sistema de información nacional depurado sobre la evolución de la pandemia COVID-19. Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM, 23, 8-11.
Artículo
86 - Martinez,M.A., Soto-Del Rio,M.D, Gutierrez,R.M., Greninger,A.L., Contreras,J.F., Lopez,S., Arias,C.F., Isa,P.. DNA microarray for detection of gastrointestinal viruses. Journal of Clinical Microbiology, 53 (1), 136-145.
Revisión
96 - Cevallos,M.A., Cervantes-Rivera,R., Gutierrez-Rios,R.M.. The repABC plasmid family. Plasmid, 60 (1), 19-37.
Nacional
97 - Gutierrez,R.M., Merino,E.. Genes, genomas y metagenomas: de Mendel a Venter. Una ventana al quehacer científico. Instituto de Biotecnología de la UNAM 25 aniversario, cap 7. 70-80, Mexico, D.F..
Artículo
99 - Resendis-Antonio,O., Freyre-Gonzalez,J.A., Menchaca-Mendez,R., Gutierrez-Rios,R.M., Martinez-Antonio,A., Avila-Sanchez,C., Collado-Vides,J.. Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli. Trends in Genetics, 21 (1), 16-20. *
Artículo
101 - Gutierrez-Rios,R.M., Rosenblueth,D.A., Loza,J.A., Huerta,A.M., Glasner,J.D., Blattner,F.R., Collado-Vides,J.. Regulatory network of Escherichia coli: consistency between literature knowledge and microarray profiles. Genome Research, 13 (11), 2435-2443. *
Artículo
Editorial Material
103 - Huerta,A.M., Glasner,J.D., Gutierrez-Rios,R.M., Blattner,F.R., Collado-Vides,J.. GETools: gene expression tool for analysis of transcriptome experiments in E. coli. Trends in Genetics, 18 (4), 217-218. *
Artículo
104 - Collado-Vides,J., Gutierrez-Rios,R.M., Bel-Enguix,G.. Networks of transcriptional regulation encoded in a grammatical model. Biosystems, 47 (1-2), 103-118. *