Dr. Alejandro Angel Garciarrubio Granados
Investigador Titular A Tiempo Completo
Redes neuronales, y aprendizaje profundo, aplicado a la bioinformática
Doctorado, en Investigacion Biomedica Basica, Instituto de Investigaciones Biomedicas (1986)
Maestría, en Investigacion Biomedica Basica, Instituto de Investigaciones Biomedicas (1984)
Licenciatura, en Investigacion Biomedica Basica, Instituto de Investigaciones Biomedicas (1982)
- Activos
- Graduados
-
Licenciatura
-
Odeth Giovanna Valencia García
PREDICCIÓN DE ACTIVIDAD HIDROLASA O TRANSFERASA EN AMILASAS MEDIANTE MODELOS DE LENGUAJE DE PROTEÍNAS
-
Estancia Temporal
1 - Lozano Aguirre Beltran, Luis Fernando (2005). Estabilidad evolutiva de estructuras secundarias en proteinas homologas.
Instituto de Biotecnologia,
Maestría en Ciencias Bioquímicas,
UNAM.
Asesor: Garciarrubio Granados, Alejandro
2 - Castillo Ramirez, Santiago (2005). Dinámica de los genes transferidos horizontalmente al clado de E. coli; localizados por no estar presentes en otras enterobacterias.
Instituto de Biotecnologia,
Maestría en Ciencias Bioquímicas,
UNAM.
Asesor: Garciarrubio Granados, Alejandro
3 - Castillo Ramírez, Santiago (2002). Identificación y análisis del proceso evolutivo de los genes transferidos horizontalmente al ancestro común de Escherichia y Salmonella.
Centro Universitario de Ciencias Biologicas y Agropecuarias,
Licenciatura en Biologia,
Universidad de Guadalajara.
*
Asesor: Garciarrubio Granados, Alejandro
4 - Gutierrez Gonzalez, Humberto (1992). Modelacion de adaptabilidad evolutiva en ambientes variables .
Instituto de Investigaciones Biomedicas,
Licenciatura en Investigación Biomédica Básica,
UNAM.
*
Asesor: Garciarrubio Granados, Alejandro
Total de publicaciones: 33
- Tipo
- Fecha
Artículo
5 - Mejia-Caballero,A., Lopez-Sanchez,R., Ramos-Cerrillo,B., Garciarrubio,A., Segovia,L. (2025). Genomic insights into habitat adaptation of Lactobacillus species.
World Journal of Microbiology & Biotechnology,
41 (2),
61.
Artículo
6 - Estrada,K., Garciarrubio,A., Merino,E. (2024). Unraveling the Plasticity of Translation Initiation in Prokaryotes: Beyond the Invariant Shine-Dalgarno Sequence.
PLoS ONE,
19 (1),
e0289914.
Artículo
7 - Lopez-Sanchez,R., Rebollar,E.A., Gutierrez-Rios,R.M., Garciarrubio,A., Juarez,K., Segovia,L. (2024). Metagenomic analysis of carbohydrate-active enzymes and their contribution to marine sediment biodiversity.
World Journal of Microbiology & Biotechnology,
40 (3),
95.
Artículo
8 - Aguilar-Ordonez,I., Perez-Villatoro,F., Garcia-Ortiz,H., Barajas-Olmos,F., Ballesteros-Villascan,J., Gonzalez-Buenfil,R., Fresno,C., Garciarrubio,A., Fernandez-Lopez,J.C., Tovar,H., Hernandez-Lemus,E., Orozco,L., Soberon,X., Morett,E. (2021). Whole genome variation in 27 Mexican indigenous populations, demographic and biomedical insights.
PLoS ONE,
16 (4),
e0249773,
[correction May 25 2022].
Articulo
9 - Palomar,V.M., Garciarrubio,A., Garay-Arroyo,A., Martinez-Martinez,C., Rosas-Bringas,O., Reyes,J.L., Covarrubias,A.A. (2021). The canonical RdDM pathway mediates the control of seed germination timing under salinity.
Plant Journal,
105 (3),
691-707.
Artículo
10 - Palacios-Flores, K., Garcia-Sotelo, J., Castillo, A., Uribe, C., Aguilar, L., Morales, L., Gomez-Romero, L., Reyes, J., Garciarubio, A., Boege, M., Davila, G. (2018). A Perfect Match Genomic Landscape Provides a Unified Framework for the Precise Detection of Variation in Natural and Synthetic Haploid Genomes.
Genetics,
208 (4),
1631-1641.
Artículo
11 - Romero-Hidalgo, S., Ochoa-Leyva, A., Garciarrubio, A., Acuna-Alonzo, V., Antunez-Arguelles, E., Balcazar-Quintero, M., Barquera-Lozano, R., Carnevale, A., Cornejo-Granados, F., Fernandez-Lopez, J.C., Garcia-Herrera, R., Garcia-Ortiz, H., Granados-Silvestre, A., Granados, J., Guerrero-Romero, F., Hernandez-Lemus, E., Leon-Mimila, P., Macin-Perez, G., Martinez-Hernandez, A., Menjivar, M., Morett, E., Orozco, L., Ortiz-Lopez, G., Perez-Villatoro, F., Rivera-Morales, J., Riveros-McKay, F., Villalobos-Comparan, M., Villamil-Ramirez, H., Villarreal-Molina, T., Canizales-Quinteros, S., Soberon, X. (2017). Demographic history and biologically relevant genetic variation of Native Mexicans inferred from whole-genome sequencing.
Nature Communications,
8 (1),
1005.
Artículo
12 - Tsai,I.J., Zarowiecki,M., Holroyd,N., Garciarrubio,A., Sanchez-Flores,A., Brooks,K.L., Tracey,A., Bobes,R.J., Fragoso,G., Sciutto,E., Aslett,M., Beasley,H., Bennett,H.M., Cai,Jianping, Camicia,F., Clark,R., Cucher,M., De Silva,N., Day,T.A., Deplazes,P., Estrada,K., Fernandez,C., Holland,P.W.H., Hou,Junling, Hu,Songnian, Huckvale,Thomas, Hung,S.S., Kamenetzky,L., Keane,J.A., Kiss,F., Koziol,U., Lambert,O., Liu,K., Luo,Xuenong, Luo,Yingfeng, Macchiaroli,N., Nichol,S., Paps,Jordi, Parkinson,J., Pouchkina-Stantcheva,N., Riddiford,N., Rosenzvit,M., Salinas,G., Wasmuth,James D., Zamanian,M., Zheng,Yadong, Cai,Xuepeng, Soberon,X., Olson,P.D., Laclette,J.P., Brehm,Klaus, Berriman,M., Ochoa-Leyva,A. (2013). The genomes of four tapeworm species reveal adaptations to parasitism.
Nature,
496 (7443),
57-63.
Artículo
13 - Olvera-Carrillo,Y., Campos,F., Reyes,J.L., Garciarrubio,A., Covarrubias,A.A. (2010). Functional Analysis of the Group 4 Late Embryogenesis Abundant proteins reveals their relevance in the adaptive response during water deficit in Arabidopsis thaliana.
Plant Physiology,
154 (1),
373-390.
Artículo; Actas Paper
14 - Aguilar-Diaz,H., Bobes,R.J., Carrero,J.C., Camacho-Carranza,R., Cervantes,C., Cevallos,M.A., Davila,G., Rodriguez-Dorantes,M., Escobedo,G., Fernandez,J.L., Fragoso,G., Gaytan,P., Garciarrubio,A., Gonzalez,V.M., Gonzalez,L., Jose,M.V., Jimenez,L., Laclette,J.P., Landa,A., Larralde,C., Morales-Montor,J., Morett,E., Ostoa-Saloma,P., Sciutto,E., Santamaria,R.I., Soberon,X., de la Torre P., Valdes,V., Yanez,J. (2006). The genome project of Taenia solium.
Parasitology International,
55 (Suppl),
S127-S130.
Artículo
15 - Morett,E., Garciarrubio,A. (2004). Shuffled: a software suite that assists the analysis of recombinant products resulting from DNA shuffling.
Biotechniques,
37 (3),
354-+.
Artículo
16 - Garay-Arroyo,A., Colmenero-Flores,J.M., Garciarrubio,A., Covarrubias,A.A. (2000). Highly hydrophilic proteins in prokaryotes and eukaryotes are common during conditions of water deficit.
Journal of Biological Chemistry,
275 (8),
5668-5674.
Artículo
17 - Merino,E., Garciarrubio,A. (2000). The global intrinsic curvature of archaeal and eubacterial genomes is mostly contained in their dinucleotide composition and is probably not an adaptation.
Nucleic Acids Research,
28 (12),
2431-2438.
Artículo
18 - Colmenero-Flores,J.M., Campos,F., Garciarrubio,A., Covarrubias,A.A. (1997). Characterization of Phaseolus vulgaris cDNA clones responsive to water deficit: identification of a novel late embryogenesis abundant-like protein.
Plant Molecular Biology,
35 (4),
393-405.
Artículo
19 - Garciarrubio,A., Legaria,J.P., Covarrubias,A.A. (1997). Abscisic acid inhibits germination of mature Arabidopsis seeds by limiting the availability of energy and nutrients.
Planta,
203 (2),
182-187.
Artículo
20 - Covarrubias,A.A., Ayala,J.W., Reyes,J.L., Hernandez,M., Garciarrubio,A. (1995). Cell-Wall Proteins Induced by Water Deficit in Bean (Phaseolus vulgaris L.) Seedlings.
Plant Physiology,
107 (4),
1119-1128.
Artículo
21 - Mendieta,R., Garciarrubio,A., Covarrubias,A. (1992). Algunos aspectos fisiologicos del frigol (Phaseolus vulgaris L.) bajo deficit de agua.
Universidad: Ciencia y Tecnología (Universidad Autónoma del Estado de Morelos).,
2 (3),
27-33.
Note
22 - Garciarrubio,A.A., Covarrubias,A.A. (1987). Promoter selection by a bacterial enhancer-like activator element (BELE) in Escherichia coli.
Gene,
54 (2-3),
275-280.
*
Artículo
23 - Leon,P., Romero,D., Garciarrubio,A., Bastarrachea,F., Covarrubias,A.A. (1985). Glutamine synthetase-constitutive mutation affecting the glnALG upstream promoter of Escherichia coli.
Journal of Bacteriology,
164 (3),
1032-1038.
Artículo
24 - Rocha,M., Vazquez,M., Garciarrubio,A., Covarrubias,A.A. (1985). Nucleotide sequence of the glnA-glnL intercistronic region of Escherichia coli.
Gene,
37 (1-3),
91-99.
*
Artículo
25 - Garciarrubio,A., Lozoya,E., Covarrubias,A., Bolivar,F. (1983). Structural organization of the genes that encode two glutamate synthase subunits of Escherichia coli.
Gene,
26 (2-3),
165-170.
Divulgación
26 - Garciarrubio,A. (2009). Procedimientos de rutina Guía #17. Ciencia y ficción. Antología de un taller de redacción.
209-215,
Mexico, D.F..
Divulgación
27 - Garciarrubio,A. (2009). Querida Abuela. Ciencia y ficción. Antología de un taller de redacción.
133-141.
Divulgación
28 - Garciarrubio,A. (2009). Seg£n me acuerdo. Ciencia y ficción. Antología de un taller de redacción.
173-180,
Mexico, D.F..
Nacional
29 - Covarrubias,A., Reyes-Taboada,J., Rodrigo,M.J., Campos,F., Colmenero,J., Garay,A., Garciarrubio,A., Bartels,D. (2001). Hydrophylins and their possible role in drought tolerance. Nitrogen Fixation Research Center XX Anniversary.
113-117.
Memoria in extenso
30 - Covarrubias,A.A., Colmenero-Flores,J.M., Campos,F., Garciarrubio,A., Garay-Arroyo,A. (1997). Molecular mechanisms of the drought response in higher plants. Biotechnology for Water Use and Conservation. OECD Workshop Mexico 96 on Biotechnology for Water Use and Conservation.
619-635.
Divulgación
31 - Garciarrubio Granados,A. (2002). El genoma humano.
Coleccion Viaje al centro de la ciencia ,
Mexico, D.F: ADN : CONACULTA.
Preprint
32 - Lopez-Sanchez,R., Rebollar,E.A., Gutierrez-Rios,R.M., Garciarrubio,A., Juarez,K., Segovia,L. (2023). Metagenomic Analysis of Carbohydrate-Active Enzymes and Their Contribution to Marine Sediment Biodiversity.
Research Square,
Preprint posted July 5th.
Divulgación
33 - Garciarrubio-Granados,A. (2016). El origen de los genes nuevos.
Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM,
6,
28-30.
Editorial Material
34 - Battaglia,M., Olvera-Carrillo,Y., Garciarrubio,A., Campos,F., Covarrubias,A.A. (2008). The Enigmatic LEA Proteins and Other Hydrophilins.
Plant Physiology,
148 (1),
6-24.
35 - Garciarrubio Granados, Alejandro (2005). Dos promotores para el gen estructural de glutamino sintetasa en E. coli.
CIFN,
Maestria en Investigacion Biomedica Basica,
UNAM.
*
36 - Garciarrubio Granados, Alejandro (1987). Algunos aspectos funcionales de la region de control de glnA en E. coli .
CIFN,
Doctorado en Investigacion Biomedica Basica,
UNAM.
*
37 - Garciarrubio Granados, Alejandro (1983). Caracterizacion del gen para la subunidad pesada de la enzima gogat de E. coli .
Instituto de Investigaciones Biomedicas,
Licenciatura en Investigacion Biomedica Basica,
UNAM.
*
Asesor: Bolivar Zapata, Francisco
Artículo
38 - Mejia-Caballero,A., Lopez-Sanchez,R., Ramos-Cerrillo,B., Garciarrubio,A., Segovia,L.. Genomic insights into habitat adaptation of Lactobacillus species.
World Journal of Microbiology & Biotechnology,
41 (2),
61.
Artículo
39 - Estrada,K., Garciarrubio,A., Merino,E.. Unraveling the Plasticity of Translation Initiation in Prokaryotes: Beyond the Invariant Shine-Dalgarno Sequence.
PLoS ONE,
19 (1),
e0289914.
Artículo
40 - Lopez-Sanchez,R., Rebollar,E.A., Gutierrez-Rios,R.M., Garciarrubio,A., Juarez,K., Segovia,L.. Metagenomic analysis of carbohydrate-active enzymes and their contribution to marine sediment biodiversity.
World Journal of Microbiology & Biotechnology,
40 (3),
95.
Preprint
41 - Lopez-Sanchez,R., Rebollar,E.A., Gutierrez-Rios,R.M., Garciarrubio,A., Juarez,K., Segovia,L.. Metagenomic Analysis of Carbohydrate-Active Enzymes and Their Contribution to Marine Sediment Biodiversity.
Research Square,
Preprint posted July 5th.
Artículo
42 - Aguilar-Ordonez,I., Perez-Villatoro,F., Garcia-Ortiz,H., Barajas-Olmos,F., Ballesteros-Villascan,J., Gonzalez-Buenfil,R., Fresno,C., Garciarrubio,A., Fernandez-Lopez,J.C., Tovar,H., Hernandez-Lemus,E., Orozco,L., Soberon,X., Morett,E.. Whole genome variation in 27 Mexican indigenous populations, demographic and biomedical insights.
PLoS ONE,
16 (4),
e0249773,
[correction May 25 2022].
Articulo
43 - Palomar,V.M., Garciarrubio,A., Garay-Arroyo,A., Martinez-Martinez,C., Rosas-Bringas,O., Reyes,J.L., Covarrubias,A.A.. The canonical RdDM pathway mediates the control of seed germination timing under salinity.
Plant Journal,
105 (3),
691-707.
Artículo
44 - Palacios-Flores, K., Garcia-Sotelo, J., Castillo, A., Uribe, C., Aguilar, L., Morales, L., Gomez-Romero, L., Reyes, J., Garciarubio, A., Boege, M., Davila, G.. A Perfect Match Genomic Landscape Provides a Unified Framework for the Precise Detection of Variation in Natural and Synthetic Haploid Genomes.
Genetics,
208 (4),
1631-1641.
Artículo
45 - Romero-Hidalgo, S., Ochoa-Leyva, A., Garciarrubio, A., Acuna-Alonzo, V., Antunez-Arguelles, E., Balcazar-Quintero, M., Barquera-Lozano, R., Carnevale, A., Cornejo-Granados, F., Fernandez-Lopez, J.C., Garcia-Herrera, R., Garcia-Ortiz, H., Granados-Silvestre, A., Granados, J., Guerrero-Romero, F., Hernandez-Lemus, E., Leon-Mimila, P., Macin-Perez, G., Martinez-Hernandez, A., Menjivar, M., Morett, E., Orozco, L., Ortiz-Lopez, G., Perez-Villatoro, F., Rivera-Morales, J., Riveros-McKay, F., Villalobos-Comparan, M., Villamil-Ramirez, H., Villarreal-Molina, T., Canizales-Quinteros, S., Soberon, X.. Demographic history and biologically relevant genetic variation of Native Mexicans inferred from whole-genome sequencing.
Nature Communications,
8 (1),
1005.
Divulgación
46 - Garciarrubio-Granados,A.. El origen de los genes nuevos.
Biotecnología en Movimiento. Revista de divulgación del Instituto de Biotecnología de la UNAM,
6,
28-30.
Artículo
47 - Tsai,I.J., Zarowiecki,M., Holroyd,N., Garciarrubio,A., Sanchez-Flores,A., Brooks,K.L., Tracey,A., Bobes,R.J., Fragoso,G., Sciutto,E., Aslett,M., Beasley,H., Bennett,H.M., Cai,Jianping, Camicia,F., Clark,R., Cucher,M., De Silva,N., Day,T.A., Deplazes,P., Estrada,K., Fernandez,C., Holland,P.W.H., Hou,Junling, Hu,Songnian, Huckvale,Thomas, Hung,S.S., Kamenetzky,L., Keane,J.A., Kiss,F., Koziol,U., Lambert,O., Liu,K., Luo,Xuenong, Luo,Yingfeng, Macchiaroli,N., Nichol,S., Paps,Jordi, Parkinson,J., Pouchkina-Stantcheva,N., Riddiford,N., Rosenzvit,M., Salinas,G., Wasmuth,James D., Zamanian,M., Zheng,Yadong, Cai,Xuepeng, Soberon,X., Olson,P.D., Laclette,J.P., Brehm,Klaus, Berriman,M., Ochoa-Leyva,A.. The genomes of four tapeworm species reveal adaptations to parasitism.
Nature,
496 (7443),
57-63.
Artículo
Divulgación
49 - Garciarrubio,A.. Procedimientos de rutina Guía #17. Ciencia y ficción. Antología de un taller de redacción.
209-215,
Mexico, D.F..
Divulgación
50 - Garciarrubio,A.. Querida Abuela. Ciencia y ficción. Antología de un taller de redacción.
133-141.
Divulgación
51 - Garciarrubio,A.. Seg£n me acuerdo. Ciencia y ficción. Antología de un taller de redacción.
173-180,
Mexico, D.F..
Editorial Material
52 - Battaglia,M., Olvera-Carrillo,Y., Garciarrubio,A., Campos,F., Covarrubias,A.A.. The Enigmatic LEA Proteins and Other Hydrophilins.
Plant Physiology,
148 (1),
6-24.
Artículo; Actas Paper
53 - Aguilar-Diaz,H., Bobes,R.J., Carrero,J.C., Camacho-Carranza,R., Cervantes,C., Cevallos,M.A., Davila,G., Rodriguez-Dorantes,M., Escobedo,G., Fernandez,J.L., Fragoso,G., Gaytan,P., Garciarrubio,A., Gonzalez,V.M., Gonzalez,L., Jose,M.V., Jimenez,L., Laclette,J.P., Landa,A., Larralde,C., Morales-Montor,J., Morett,E., Ostoa-Saloma,P., Sciutto,E., Santamaria,R.I., Soberon,X., de la Torre P., Valdes,V., Yanez,J.. The genome project of Taenia solium.
Parasitology International,
55 (Suppl),
S127-S130.
54 - Garciarrubio Granados, Alejandro. Dos promotores para el gen estructural de glutamino sintetasa en E. coli.
CIFN,
Maestria en Investigacion Biomedica Basica,
UNAM.
*
Asesor: Bolivar Zapata, Francisco
Artículo
55 - Morett,E., Garciarrubio,A.. Shuffled: a software suite that assists the analysis of recombinant products resulting from DNA shuffling.
Biotechniques,
37 (3),
354-+.
Divulgación
56 - Garciarrubio Granados,A.. El genoma humano.
Coleccion Viaje al centro de la ciencia ,
Mexico, D.F: ADN : CONACULTA.
Nacional
57 - Covarrubias,A., Reyes-Taboada,J., Rodrigo,M.J., Campos,F., Colmenero,J., Garay,A., Garciarrubio,A., Bartels,D.. Hydrophylins and their possible role in drought tolerance. Nitrogen Fixation Research Center XX Anniversary.
113-117.
Artículo
58 - Garay-Arroyo,A., Colmenero-Flores,J.M., Garciarrubio,A., Covarrubias,A.A.. Highly hydrophilic proteins in prokaryotes and eukaryotes are common during conditions of water deficit.
Journal of Biological Chemistry,
275 (8),
5668-5674.
Artículo
59 - Merino,E., Garciarrubio,A.. The global intrinsic curvature of archaeal and eubacterial genomes is mostly contained in their dinucleotide composition and is probably not an adaptation.
Nucleic Acids Research,
28 (12),
2431-2438.
Artículo
60 - Colmenero-Flores,J.M., Campos,F., Garciarrubio,A., Covarrubias,A.A.. Characterization of Phaseolus vulgaris cDNA clones responsive to water deficit: identification of a novel late embryogenesis abundant-like protein.
Plant Molecular Biology,
35 (4),
393-405.
Artículo
61 - Garciarrubio,A., Legaria,J.P., Covarrubias,A.A.. Abscisic acid inhibits germination of mature Arabidopsis seeds by limiting the availability of energy and nutrients.
Planta,
203 (2),
182-187.
Memoria in extenso
62 - Covarrubias,A.A., Colmenero-Flores,J.M., Campos,F., Garciarrubio,A., Garay-Arroyo,A.. Molecular mechanisms of the drought response in higher plants. Biotechnology for Water Use and Conservation. OECD Workshop Mexico 96 on Biotechnology for Water Use and Conservation.
619-635.
Artículo
63 - Covarrubias,A.A., Ayala,J.W., Reyes,J.L., Hernandez,M., Garciarrubio,A.. Cell-Wall Proteins Induced by Water Deficit in Bean (Phaseolus vulgaris L.) Seedlings.
Plant Physiology,
107 (4),
1119-1128.
Artículo
64 - Mendieta,R., Garciarrubio,A., Covarrubias,A.. Algunos aspectos fisiologicos del frigol (Phaseolus vulgaris L.) bajo deficit de agua.
Universidad: Ciencia y Tecnología (Universidad Autónoma del Estado de Morelos).,
2 (3),
27-33.
Note
65 - Garciarrubio,A.A., Covarrubias,A.A.. Promoter selection by a bacterial enhancer-like activator element (BELE) in Escherichia coli.
Gene,
54 (2-3),
275-280.
*
66 - Garciarrubio Granados, Alejandro. Algunos aspectos funcionales de la region de control de glnA en E. coli .
CIFN,
Doctorado en Investigacion Biomedica Basica,
UNAM.
*
Asesor: Bolivar Zapata, Francisco
Artículo
67 - Leon,P., Romero,D., Garciarrubio,A., Bastarrachea,F., Covarrubias,A.A.. Glutamine synthetase-constitutive mutation affecting the glnALG upstream promoter of Escherichia coli.
Journal of Bacteriology,
164 (3),
1032-1038.
Artículo
68 - Rocha,M., Vazquez,M., Garciarrubio,A., Covarrubias,A.A.. Nucleotide sequence of the glnA-glnL intercistronic region of Escherichia coli.
Gene,
37 (1-3),
91-99.
*
Artículo
69 - Garciarrubio,A., Lozoya,E., Covarrubias,A., Bolivar,F.. Structural organization of the genes that encode two glutamate synthase subunits of Escherichia coli.
Gene,
26 (2-3),
165-170.
70 - Garciarrubio Granados, Alejandro. Caracterizacion del gen para la subunidad pesada de la enzima gogat de E. coli .
Instituto de Investigaciones Biomedicas,
Licenciatura en Investigacion Biomedica Basica,
UNAM.
*
Asesor: Bolivar Zapata, Francisco
- Teléfonos
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Oficina +52 (777) 329-1864
desde la CDMX 562-27864
Red UNAM 27864