El control de calidad de los remedios y medicamentos herbolarios es el medio a través del cual se garantiza la seguridad y eficacia farmacológica de los mismos. Las plantas medicinales son la base para la elaboración de dichos productos por lo que la correcta identificación del material vegetal es fundamental. Si bien existen diversos análisis morfológicos, anatómicos y químicos para asegurar la identidad botánica, a veces pueden ser insuficientes o difíciles de implementar dependiendo del estado de fragmentación de las plantas. Por ello, en el presente seminario se muestra la aplicación de los códigos de barras moleculares en ejemplos selectos de la flora medicinal mexicana, como una prueba complementaria que robustece los métodos de identificación ya existentes y proyecta esta herramienta hacia su inclusión como un nuevo método general de análisis en la Farmacopea Herbolaria de los Estados Unidos Mexicanos.